В 1720-1721 годах по указанию Петра I мастер Никонов построил сперва модель, а затем, в 1721-1724 годах и полноразмерное подводное «Потаённое судно», ставшее первой российской подводной лодкой.
Для сооружения «Потаённого судна» использовались доски, железные полосы, медные листы, кожа и другие материалы.
Никонов являлся командиром экипажа из четырёх человек и под его руководством осуществлялись пробные погружения.
Первые испытания судна, в присутствии Петра I, прошли осенью 1724 года и закончились аварией: при ударе о грунт дно корабля оказалось проломлено.
Весной 1725 года судно было спущено на воду после ремонта, но обнаруженная течь не позволила провести погружение.
Третий раз Никонов испытывал своё судно в 1727 году.
После смерти Петра I Никонов впал в опалу. В 1728 году был разжалован из мастеров в рядового плотника и сослан на Астраханскую верфь.