Храм расположен на Монастырском острове, первое упоминание о котором встречается в летописях конца первого тысячелетия. Остров посещала княгиня Ольгой в 954 году и буря заставила надолго остановиться на острове. Приют им дали монахи. Епископ Григорий с их помощью и помощью самарских рыбаков в честь спасения соорудил церквицу и совершал в ней богослужения. В 972 году на битву с печенегами здесь проходил князь Святослав Игоревич с дружиной. В период крещения Руси в 988 году на Монастырском острове останавливался великий князь Владимир, шествовавший в поход на Херсонес. Весной 1240 года монголо-татарские орды прошлись по христианским святыням. Татары разрушили монастырь и отправились далее по Днепру в Киев. В начале XV века монастырь был отстроен, но просуществовал недолго - всего два десятилетия. Возрождение острова связано с историей украинского казачества. Запорожцы вернули святую землю церкви: в 1747 году полковник Самарской паланки Кирилл Красовский отдал остров Самарскому Пустынно-Николаевскому монастырю. Так история Монастырского острова впервые соприкоснулась с именем Николая Чудотворца. После упразднения Запорожской Сечи Монастырский остров в числе других прибрежных земель отошел князю Прозоровскому. В 30-е годы XX века остров стали называть Комсомольским. Спустя XII веков, земля Монастырского острова освятилась рождением храма. Весной 1994 на острове водрузили крест в память о подвигах византийских монахов. Новую святыню на Монастырском острове строили два года. В 1997 году в восстановленный храм Христа Спасителя в Москве было решено доставить икону Святителя Николая, написанную в итальянском городе Бари, где покоятся мощи святого. Образ святителя Николая посетил и Днепропетровск, засвидетельствовав символическое благословение Чудотворца храму, строящемуся в его честь. 21 ноября 2001 года у храма была установлена звонница с семью колоколами.