Расположен на юго-востоке страны, вблизи границы с Пакистаном и Афганистаном (место пересечения границ трёх государств находится в 41 км к северу от города). Захедан находится в 1605 км к юго-востоку от столицы страны, города Тегеран, на высоте 1352 м над уровнем моря.
Климат — засушливый, с жарким летом и довольно прохладной зимой. Годовая норма осадков составляет всего около 80 мм; почти все они выпадают в период с декабря по апрель.
Международный аэропорт Захедан, расположенный на юго-востоке города, является гражданским аэропортом.
Он находится на высоте 1.391 метр над уровнем моря и имеет одну взлетно-посадочную полосу длиной 4.265 метров. Аэропорт обслуживает рейсы пяти авиакомпаний в направлениях: Дубай, Исфахан, Керман, Джидда, Мешхед, Шираз, Тегеран, Чабахар и Сараван.